人類を急襲し、瞬く間にアメリカを無力化、地上を蹂躙し続ける謎の巨大飛行物体とその主達。大都市を完全に破壊した後、残された人々への個別攻撃を開始した異文明の脅威に為す術もなく屍の山が築かれていく。そんな中、連れ去られた多恵を追って、巨大飛行物体内部に侵入した玄野は、ただ一人で反撃を開始する。多恵に襲い来る過酷な運命に抗えるのか…！？

「100点到達すると死亡したメンバーを再生できる」事を知った玄野。死んだ仲間たちを復活させるため、決意を新たにミッションに挑む！！　生き残る可能性を上げるため、平時から訓練してきた玄野たちだったが、新たなターゲット「オニ星人」もまた人間同様の知能・言語を有する組織化された集団だった。スーツの弱点すら知る星人たちの強襲にそれぞれの戦いが始まる！！

渋谷で黒服軍団の襲撃を受けた玄野と和泉だが、加勢を拒否する玄野を嘲笑うかのように和泉は単独で黒服軍団を一掃する。一方、日常時に攻撃を受けたことにより、小島に被害が及ぶことを恐れ始めた玄野。そんな折、玄野とアイドルのレイカとの密会が発覚。小島との別離が訪れる。悲しみに耐え、ミッションに挑みつづける玄野。だが、ガンツが表示した標的は…。

遂に再会を果たした玄野と多恵。しかし直後に待ち受けていたのは新たなる転送だった。ハードスーツに身を包み、極大兵器に強制搭乗する戦士達。これが最後のミッション──それは真実か否か、しかして人類の反逆の進軍は開始される。同時刻、ガンツのハッキングに成功した西の思惑。そしてもう一人の玄野の孤独な闘いと身を案じるレイカの想いの行方は…！？

ガンツの指名したターゲットは小島多恵。玄野派・和泉派の二つに分かれた人対人のバトルはついに、命のやりとりの域に。恋人を守るために、初めて人を殺めてしまう玄野。しかし、奮闘むなしく小島は和泉の刃にかかってしまう…。大切な者を再び失った絶望の淵、だが玄野は100点到達の特典メニューを知る。その中には、「死亡したメンバーを再生させる」項目が…。

地下鉄のホームで撥ねられ死んだはずの玄野、加藤は謎のマンションの一室に一瞬にして転送される。そこに置かれた得体の知れない黒い球の指令により、ねぎ星人の暗殺を命じられた玄野らは、状況を把握できないままねぎ星人の元へと転送される。マンションにいた仲間によってねぎ星人は殺されるが、新たなねぎ星人が現れ…。

見ず知らずの者が集められた部屋でガンツが映し出した標的は仁王の姿をした星人。そんな中、玄野は岸本への未練や怒りから衝動的に自分に興味を持つ年上の女と関係を持つ。転送が始まり敵の巨大さに圧倒される面々だが、待ち望んだ殺戮の世界に戻ってきた玄野は、果敢に挑み、敵一体を撃破。その姿に初めて参加した人間たちは気勢を上げる。暴走する玄野に西の姿を見出す加藤の心には次第に……。

「100点到達すると死亡したメンバーを再生できる」事を知った玄野。死んだ仲間たちを復活させるため、決意を新たにミッションに挑む！！　生き残る可能性を上げるため、平時から訓練してきた玄野たちだったが、新たなターゲット「オニ星人」もまた人間同様の知能・言語を有する組織化された集団だった。スーツの弱点すら知る星人たちの強襲にそれぞれの戦いが始まる！！

異文明への反逆の希望…極大兵器に搭乗し破竹の勢いで進攻を続ける桜井。しかし憎悪で擦り切れた精神は限界を迎えようとしていた。暴走する自意識の果てに現れた彼を見守る者の正体とは。そして愛する者を再び救出するため、空を駆ける玄野。今なお野望に胸を焦がす最凶の少年・西。両者が対峙するとき、一つの物語が決着を迎える。譲れぬ男達の闘いの結末は。